Urad predsednika Republike Slovenije je organiziran na osnovi Odloka o organizaciji in delovanju služb predsednika Republike Slovenije (Uradni list RS št. 20/93), ki ga je Predsednik Republike Slovenije Milan Kučan izdal 14. aprila 1993. Osnova za izdajo tega odloka je poleg ustavnih določb 41. člen Zakona o poslancih.

Generalni sekretar
Urad vodi generalni sekretar, ki po navodilih predsednika republike skrbi za opravljanje vseh nalog, ki so potrebne v zvezi z opravljanjem funkcij in pristojnosti predsednika republike. Generalni sekretar je odredbodajalec za v proračunu zagotovljena sredstva za delo predsednika republike in ima v skladu z zakonom pravice in dolžnosti predstojnika republiškega upravnega organa. Generalni sekretar ima namestnika.

Svetovalci predsednika republike
Svetovalci dajejo predsedniku republike mnenja in predloge iz svojega delovnega področja v zvezi z opravljanjem funkcij in pristojnosti predsednika republike, pripravljajo osnutke in predloge predsednikovih aktov, gradivo za nastope predsednika in osnutke odgovorov predsednika na razne predloge, pisma in vloge in opravljajo drugo strokovno delo. Predsednik ima svetovalke in svetovalce za ustavo-pravne zadeve, za obrambo, za zunanje zadeve in za gospodarstvo, po potrebi pa imenuje tudi svetovalce za druga področja oziroma naloge.

Kabinet predsednika republike
Kabinet je služba v Uradu, ki opravlja strokovne in organizacijske naloge za predsednika republike. Delo kabineta organizira in vodi šef kabineta.

Službe v Uradu
V Uradu je varnostna služba predsednika republike, vodi jo njen vodja, ki je za svoje delo neposredno odgovoren predsedniku republike, pri opravljanju svojih nalog pa sodeluje s pristojnimi službami Ministrstva za notranje zadeve in Ministrstva za obrambo.

Strokovno in tehnično delo v Uradu je organizirano v službah za informiranje in dokumentacijo, za pomilostitve in vloge ter za splošne zadeve.